Про экспорт в SAS4Android ответил в багтрекере: http://sasgis.ru/mantis/view.php?id=1322
Коротко: бинарные различия в файлах никак на работу не влияют. На глаз оба файла правильные.
Скиньте мне в личку оба файла индекса, скажу точно.
А что не выбраны зумы - эта проблема гораздо выше самого экспорта, до него дело даже не дошло. Возможно баг связан с переделкой фреймов/форм, может он даже вылечился уже - сейчас проверил версию 120602.5595, она экспортит вполне нормально. Скачайте или постарее версию (но не старее 5547! В ней исправлен баг как раз с экспортом в SAS4WinCE/Android), или самую последнюю (5595) и проверьте на ней.
PS. Я экспортировал себе для SAS4WinCE довольно много разных участков и штук 5 разных карт - всё на навигаторе виделось. Возможно проблема в клиенте под андроид? Он развивается быстро, вдруг что-то подпортилось в процессе? Думаю надо сделать небольшой пример пакованного кэша и спросить о баге на форуме того клиента с приложением примера.